Os membros do CICS.NOVA estão organizados em Grupos de Investigação, os quais são liderados pelos respetivos Coordenadores. Os Grupos de Investigação são unidades funcionais de Investigadores que desenvolvem a sua atividade centrada em problemáticas e abordagens metodológicas referentes a temáticas comuns. Cada membro está vinculado apenas a um Grupo de Investigação.

Existem cinco grupos de investigação que correspondem aos eixos da atividade científica do CICS.NOVA:

1: Desigualdades Sociais e Ação Pública

2: Cidadania, Trabalho e Tecnologia

3: Mudanças Ambientais, Território e Desenvolvimento

4: Modelação Espacial, Social e Planeamento

5: Dinâmicas Populacionais e Saúde

Os Grupos de Investigação podem organizar-se por Equipas de Investigação, as quais correspondem a temáticas de investigação consideradas estratégicas para os objetivos do CICS.NOVA. As Equipas têm um carácter dinâmico, ou seja, podem ser alteradas ao longo do tempo.