Os membros do CICS.NOVA estão organizados em Grupos de Investigação, os quais são liderados pelos respetivos Coordenadores. Os Grupos de Investigação são unidades funcionais de Investigadores que desenvolvem a sua atividade centrada em problemáticas e abordagens metodológicas referentes a temáticas comuns. Cada membro está vinculado apenas a um Grupo de Investigação.
Existem seis grupos de investigação que correspondem aos eixos da atividade científica do CICS.NOVA:
